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おうちでHPC

PhenomII X4買いました。

PhenomII X4 965 BE \17k
MB           \8k
Memory 2Gx2 \10k
HD           \4k
ケース・電源  \6k
計          \45k

ボンクラーズ環境を新しいマシンに入れるのをもう4,5回やってて、まだやりそう^^; やり方メモしておこう。ベースはUbuntu 9.04。

* パッケージとってくる
   % sudo apt-get install openssh-server nfs-common libstdc++5
# libstdc++5はicc(11.1)が必要とする nfsサーバにするならportmap, nfs-kernel-serverも

* icc インストール
  % ./install.sh

* openmpi ビルド
  % ./configure CC=icc CXX=icpc --prefix=/my/path ; make all ; make install

* ssh 相互乗り入れ
  A> ssh-keygen -t rsa   # ~/.ssh/id_rsa.pub ができる
  A> scp  ~/.ssh/id_rsa.pub B:/home/mine
  B> cat ~/id_rsa.pub >> ~/.ssh/authorized_keys
   # A,Bはマシン名。それぞれのマシン上でお互いにやる。

* 環境設定
  次のファイルを作っておき、~/setpathsとかにしとく。これを.bashrcでsource する
   source /opt/intel/Compiler/11.1/064/bin/iccvars.sh ia32
   export PATH=/openmpi/install/dir/bin:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/openmpi/install/dir/lib:$LD_LIBRARY_PATH

* nfs設定
   A> mkdir /mnt/hoge
   A> vi /etc/hosts
     - /mnt/hoge B:/wanted/dir nfs noauto,rw 0 0 とかいう行を追加
   B> vi /etc/exports
     - /wanted/dir 192.168.xx.yy(rw,no_root_squash,async) とかいう行を追加
   B> exportfs -a    # reboot後は不要
   A> mount /mnt/hoge

* 共有メモリ設定
    vi /etc/sysctl.conf
     - kernel.shmmax = 268435456 とかいう行を追加

今家にデスクトップ3台、ノート1台になりました。これ以上増えるならnisとかいるんじゃ?インストールもkickstartとかにしないと。家なのにセンター並 ^^;

キーボードもモニタもマウスもなしのだるま状態。ネットワークだけつなげて、他のマシンからログインしてます。狭いし、切替器買うのももったいないし。

Ubuntuインストールの時の話ですが、チップセットがAMD 785なんですが、Ubuntu 9.04をUSB CD driveからインストールすると、途中でブランク画面になってハングします。
modprobe: FATAL: Could not load /lib/modules/2.6.28-11-generic/modules.dep : No such file or directory
とかいうメッセージが出る。さっぱりわからずググると、以下を発見:
http://ubuntuforums.org/archive/index.php/t-1250739.html

まったく理由わかりませんが、このとおりUSBを抜き差しすると実際うまくいきました。Linuxインストールではいろいろと苦しんできましたけど、これほどわけわからん解決は初めてです^^;
「あなた大魔術師ですか!? (are you an archimage?)」にまったく同感。

3/31/2012 追記 iccインストールのときにJREがないとWarningが出ます。skipもできるのですが、次のようにすると出なくなるのでいちおう:

sudo apt-get install openjdk-6-jre

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コメント

nisって8年ぶりくらいに聞きました。最近ではLDAPの認証を各システムで共用するのが普通では?

あ、そうなんですか。情報ありがとうございます。私もあまり知識がある方ではないので、必要に迫られるたびにそのつど調べながらやっております。

hostsに記載かな、と思った自分は1番ローテクorz
i7とPhenomIIの性能的な比較が気になります。
RAMはDDR3でしょうか?

うちも今はhostsですw
ボナのnpsで見ると、きもち860が少し速いみたい。でもわずかです。数%かな。DDR3 1333です。

PhenomIIが若干遅いですか…。
amd64ですよね。
うーん、速いCPUが出ないかな…。

あ、ia32です。あとintel ccです。pgiとかだとphenomIIもっと速くなるかも?でも私持ってない。64bは…ボナはあまり速くならなそうな気はしますが、一応試してみようかな。

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